La historia de la biblioteca transcurre paralela a la de la Universidad de Guanajuato, cuyos orígenes se remontan al año de 1732, cuando los religiosos de la Compañía de Jesús fundaron el Hospicio y el Colegio de la Santísima Trinidad en el mismo lugar que hoy ocupa el edificio central de la institución.
La biblioteca permaneció 130 años en la planta baja del inmueble que albergó al centro de enseñanza desde su apertura. En el siglo XIX, tras la independencia nacional y la reforma liberal, el acervo experimentaría un crecimiento exponencial y sistemático que motivó su traslado a la capilla del entonces denominado Colegio del Estado de Guanajuato.
Finalmente, el 17 de septiembre de 1962, las autoridades universitarias determinan su traslado a un espacio adaptado exprofeso, siendo la sala hospital del antiguo convento de los frailes betlemitas el lugar elegido. La disposición en forma de cruz latina, parece indicar que en algún momento también podría haber fungido como capilla. Contiene un universo de 30 mil 406 registros o títulos y aproximadamente 60 mil volúmenes.
