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La tradición académica de la Universidad de Guanajuato está enraizada en el siglo XVIII; el inicio de este proyecto educativo tiene su primer antecedente en  el Colegio de la Santísima Trinidad fundado en 1732 a iniciativa de doña Josefa Teresa de Busto y Moya, quien con ayuda de miembros prominentes de la sociedad guanajuatense, entre los que destacan don Pedro Lascuráin de Retana,  crearon el Colegio en la casa de doña Josefa y en la antigua capilla de los otomíes, donde actualmente se encuentra el Patio de Estudios de Edificio Central.

En el año de 1744, a petición del Ayuntamiento de la ciudad de Guanajuato, el rey Felipe V emite la Real Cédula en la cual se reconocen los esfuerzos educativos de los fundadores y en donde se consigna que los encargados del Colegio serán los religiosos de la Compañía de Jesús.   

Las primeras cátedras impartidas en el Colegio estuvieron a cargo de los sacerdotes jesuitas que contaron con el apoyo económico de los mineros de la ciudad; así fue posible continuar con las construcciones del Colegio de la Santísima Trinidad, del cual se cuenta que cuando doña Josefa pensaba en fundarlo unas abejas fabricaron un panal en su cuarto. De esta leyenda nace el símbolo de la Colmena Legendaria.

La expulsión de los jesuitas de los territorios de la Nueva España, en 1767, fue el motivo por el cual el Colegio permaneció cerrado por 18 años y reabrió con el nombre de Real Colegio de la Purísima Concepción, a cargo de los sacerdotes felipenses.

El  Colegio reabierto recibió gran impulso del último intendente del Guanajuato, Juan Antonio de Riaño y Bárcenas, gobernante ilustrado que proveyó al Colegio de cátedras y profesores, además de introducir las materias de matemáticas, física, química y francés; sin embargo, el movimiento de la lucha por la Independencia terminará con dicho proyecto, así como con la vida del intendente que muere en la batalla del 28 de septiembre de 1810 en la Alhóndiga de Granaditas.

Durante la guerra de Independencia, la Institución se sostiene gracias a la entrega del presbítero don Marcelino Mangas, figura emblemática del Colegio, quien fungió como rector, maestro y encargado de funciones básicas y que junto con un grupo de estudiantes, se opuso a las pretensiones de Agustín de Iturbide de convertir las instalaciones del Colegio en Casa de Moneda.

Marcelino Mangas es uno de los personajes más representativos de la constante labor emprendida por los guanajuatenses por sostener una institución en bien del progreso de la juventud del estado. A su muerte, sus restos reposan en la antigua capilla del Colegio, actualmente salón del H. Consejo General Universitario.

Carlo Montes de Oca, primer gobernador constitucional del estado, ilustrado y fiel defensor de los principios de la Independencia, inició un ambicioso proyecto educativo para el Colegio y el estado, quien con el apoyo de don Marcelino Mangas emitió un decreto en 1827 en el que se estableció que la educación superior debía ser costeada por el Estado. Asimismo, asigna una partida para ampliar y reformar el edificio, fundar una biblioteca pública, un gabinete de física experimental, un laboratorio de química y una colección de mineralogía.

Para estas empresas contó con el apoyo del Ayuntamiento de la ciudad, el cual  cedió su biblioteca pública al entonces llamado Colegio de la Purísima Concepción –libros que hoy se conservan en la Biblioteca Armando Olivares- y respaldó la iniciativa de solicitar al barón Alejandro von Humboldt una colección de fósiles para el gabinete de mineralogía, así como una importante colección de libros que hoy forman parte del patrimonio de la Universidad.

El año de 1828 es de suma importancia: se reforman los planes de estudio; por primera vez se legisla sobre la tercera enseñanza o educación superior; se ofrecen las cátedras de minería, carrera de foro (derecho), la carrera eclesiástica y la academia de pintura, escultura y arquitectura.

Los vaivenes políticos de la primera mitad del siglo XIX afectarán al Colegio, sin embargo, se mantiene como una institución estable que cumple con la misión principal de ofrecer educación pública. En esta época estudiaron importantes protagonistas de la historia del estado y del país como Manuel Doblado, Joaquín González Obregón,  Octaviano Muñoz Ledo, Ponciano Burquiza, Juan y Ramón Valle, José Rosas Moreno y Lucio Marmolejo, entre otros.

Con el triunfo de la Reforma, el Colegio experimentó importantes cambios; en 1870 cambia su nombre a Colegio del Estado por iniciativa del entonces gobernador Florencio Antillón.

Durante este periodo destaca la presencia del médico y naturalista francés Alfredo Dugés, fundador del gabinete de Historia Natural, del Jardín Botánico y autor de una colección de acuarelas. Otro importante personaje es Vicente Fernández científico autodidacta y taxidermista, recordado por el descubrimiento de nuevos minerales como el llamado ‘Guanajuatita’, así como por la instalación del primer observatorio meteorológico del estado. Ellos legaron una destacada colección que hoy alberga el Museo de Historia Natural Alfredo Dugés de la Universidad, y la tradición del observatorio se conserva en la azotea del Edificio Central. Cabe recordar la herencia del también científico Severo Navia, quien formó y clasificó una importante colección de minerales, resguardados en el  Museo de Mineralogía de la Universidad.   

En dicho Museo se alberga una colección de minerales gestionados por el ingeniero Ponciano Aguilar, ilustre egresado y catedrático del Colegio, quien descubrió un mineral denominado “aguilarita”; su trabajo como constructor se conserva en la Presa de Esperanza y el túnel del Coajín, además, fue nombrado profesor extraordinario de Ciencias Físico-Química de la UNAM y obtuvo el Premio Internacional en la Feria Universal de París en 1900 con un proyecto para el aprovechamiento de las aguas del río Lerma. Parte de su legado se puede consultar en la Archivo Histórico de la Universidad de Guanajuato.  

La historia del Colegio fue consignada de manera exhaustiva por uno de los egresados y profesores más queridos, don Agustín Lanuza, reconocido por su trabajo de investigación histórica, su interesante obra literaria y su profesionalismo como abogado.  

En 1945 el Colegio del Estado se transforma en Universidad de Guanajuato, instalándose el primer Consejo Universitario el 16 de mayo de ese año. Esta importante evolución se debe, en mucho, al indiscutible liderazgo de don Armando Olivares Carrillo, quien sostuvo la idea de lograr una Universidad con mayor acción social y humana, proyecto consolidado en el Servicio Social Universitario que distingue a la Institución. Entre muchos de sus logros, destacamos el inicio de las labores editoriales, para lo cual instaló la imprenta universitaria (aún en funciones); protagonista de una nueva tradición cultural y artística que distinguirá a la Universidad y permitirá darla a conocer a nivel nacional.

La Universidad de Guanajuato tuvo, en esta etapa, un importante crecimiento en la apertura de una nueva y diversificada oferta académica, consolidando importantes centros e institutos de investigación en todas las áreas del conocimiento, además de establecer políticas de gran alcance en la extensión y difusión cultural. Por otra parte, amplió su presencia a más ciudades del estado, contando en la actualidad con unidades académicas y de extensión universitaria en más de 10 municipios.

Como parte de esta nueva tradición cultural, el rector Antonio Torres Gómez creó en 1950 la Orquesta Sinfónica de la Universidad y la Escuela de Arte Dramático, esta última, aunque efímera, constituyó un antecedente fundamental para el desarrollo artístico que caracteriza a la institución a nivel nacional e internacional, con la puesta en escena de los Entremeses Cervantino, semilla que germinó en la creación del Festival Internacional Cervantino.

Entre los protagonistas de la vida cultural universitaria de esa época, destacan Enrique Ruelas y Eugenio Trueba Olivares, quien siendo rector de la Universidad fundó dos de las instituciones culturales que continúan siendo vanguardia de la difusión cultural: el Cine Club y Radio Universidad, además de ser el principal promotor del Teatro Universitario, que año con año continúa representando los Entremeses Cervantinos en la Plaza de San Roque.

El mes de octubre de 1991, siendo rector el Mtro. Juan Carlos Romero Hicks, se convoca a la comunidad universitaria a participar en el proceso de autonomía y de reforma normativa; el 11 de mayo de 1994 la LV Legislatura del Congreso del Estado aprobó la autonomía, con lo cual la Universidad de Guanajuato adquirió la capacidad jurídica y la facultad y responsabilidad de gobernarse a sí misma.

Posteriormente, en el ejercicio pleno y responsable de su autonomía, la comunidad universitaria inició un proceso de transformación institucional que incidió en la conformación de la estructura de gobierno y del modelo académico, preservando los principios y propósitos contenidos en su misión y su visión institucional.

Dicho proceso inició formalmente en febrero de 2006 con la presentación ante el H. Consejo Universitario, por parte del rector Dr. Arturo Lara López, de la propuesta básica de reforma académica y administrativa, cuyos contenidos y alcances se enriquecieron con las opiniones de la comunidad universitaria, de estudiosos nacionales e internacionales y de miembros de la sociedad guanajuatense.

Así, el 16 de mayo de 2006 el H. Consejo Universitario aprobó el Anteproyecto de Ley Orgánica, documento que manifiesta la voluntad institucional de adoptar un nuevo modelo orgánico y académico caracterizado por una estructura multicampus, el funcionamiento departamental y matricial de su subsistema de educación superior, y por la integración de un subsistema de nivel medio.

El 31 de mayo de 2007, la LX Legislatura Constitucional del Estado aprobó por unanimidad la nueva Ley Orgánica de la Universidad de Guanajuato, actualmente en vigencia. De esta manera, a partir del año 2009, la Universidad de Guanajuato inició una nueva etapa de su historia institucional.

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