- Colección General
- Colección Dr. José María Luis Mora
- Colección Dr. Alfredo Dugès
- Colección Lic. Manuel Cervantes Rendón
- Fondo Conventual
- Hemeroteca
Colección General
Integrada por alrededor de 13 mil 965 títulos que abarcan prácticamente todas las ramas del conocimiento –con predominio de las ciencias exactas y las humanidades- constituye el conjunto más numeroso y consultado. En ella se encuentran los libros utilizados en las cátedras durante las distintas etapas históricas de la Universidad de Guanajuato (s. XVIII-XX).
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Colección Dr. José María Luis Mora
Adquirida en 1853 por el Gobierno del Estado de Guanajuato a cargo del licenciado Octaviano Muñoz Ledo, esta colección constituye una parte de la vasta biblioteca personal reunida por el insigne político e historiador guanajuatense durante su vida en México y posteriormente en el exilio europeo.
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Colección Dr. Alfredo Dugès
Este importante acervo se integró al patrimonio de la institución en 1910, tras la muerte del célebre científico y catedrático del Colegio del Estado. Se halla conformado por 569 obras relativas a la medicina, la zoología, la botánica y las ciencias naturales en general.
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Colección Lic. Manuel Cervantes Rendón
Donada por el abogado y bibliófilo Manuel Cervantes (1882-), se compone por 9 mil 424 obras publicadas entre los siglos XVI y XX. Ofrece una amplia temática con énfasis en la historia, las ciencias sociales y el derecho.
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Fondo Conventual
Tiene como origen la Ley de Nacionalización de Bienes Eclesiásticos decretada por el presidente Benito Juárez en 1859. Las 5 mil 624 obras que lo integran pertenecieron a las librerías de varios conventos de la región del Bajío. En su temática predominan los textos de carácter filosófico y teológico escritos en lengua latina.