La Coordinación del Archivo General es el área administrativa titular del Sistema Institucional de Archivos de la Universidad de Guanajuato.

Su función es coordinar las acciones encaminadas al desarrollo del SIAUG, y de la custodia y conservación del patrimonio documental y bibliográfico de la universidad, para lograr una administración eficaz de los documentos, apoyar la toma de desiciones, garantizar el acceso a la información, lograr una transparente rendición de cuentas, además de difundir el uso y disposición del patrimonio de la institución.

En febrero de 1999, durante la gestión del rector Juan Carlos Romero Hicks, surge el interés institucional por conformar una entidad capaz de lograr capitalizar académica e intelectualmente una serie de esfuerzos, proyectos e iniciativas que a lo largo de casi cinco décadas y con desiguales grados de éxito, avance o continuidad, se habían venido desarrollando en materia de rescate, conservación y estudio de las numerosas colecciones de libros, documentos, fotografías y objetos históricos bajo posesión y custodia de la Universidad de Guanajuato.

En consecuencia, se crea oficialmente la Dirección de Archivos y Fondos Históricos (DAFH), una dependencia administrativa responsable de integrar, sistematizar y planificar las actividades que de manera aislada e independiente llevaban a cabo el Archivo Histórico de la Universidad de Guanajuato (AHUG) -compuesto entre otros fondos por el importante Archivo Histórico Municipal de Guanajuato en custodia de la Universidad de Guanajuato desde 1944-, el Archivo de Concentración de la Secretaría General (ASG) y la Biblioteca Armando Olivares (BAO).

Adicionalmente, la nueva unidad tendría bajo su responsabilidad el Archivo Plutarco Elías Calles y la Colección Ingeniero Ponciano Aguilar, ambos pertenecientes al acervo histórico reunido por la institución.

En una primera etapa, la DAFH habría de concentrar sus esfuerzos en una serie de trabajos de homologación y modernización de los procesos archivísticos así como en la organización de las áreas estratégicas que le permitieran cumplir con sus objetivos.

En el año 2006, tras realizar un diagnóstico para conocer la situación real que guardaban los repositorios documentales de la institución, la dependencia recibe la comisión de implementar el Sistema Institucional de Archivos de la Universidad de Guanajuato (SIAUG) ampliándose así el alcance de sus atribuciones y responsabilidades al ámbito administrativo. Al iniciarse los trabajos orientados a la creación del SIAUG, en el año 2007 la denominación oficial habría de cambiar a Dirección del Archivo General (DAG).

En 2009, bajo la rectoría del doctor Arturo Lara López, tiene lugar la reforma académica y administrativa de la Universidad de Guanajuato. Dentro de la nueva estructura, las entonces direcciones de Bibliotecas (DGB), del Archivo General (DAG) y de Tecnologías de la Información DTI) se transforman en tres departamentos que a su vez habrán de conjuntarse en una nueva entidad denominada Dirección de Apoyo Académico (DAAC).

Al iniciar la gestión del rector José Manuel Cabrera Sixto y en cumplimiento de lo estipulado por el Estatuto Orgánico de la Universidad de Guanajuato (2008), que señala como una de las atribuciones del Secretario General la custodia del archivo general de la institución (Art. 78, fracc. V), en el año 2011 se determina formalmente la incorporación del Departamento de Fondos Históricos y Biblioteca Armando Olivares a la estructura organizativa de la Secretaría General convirtiéndose así en la actual Coordinación del Archivo General.